La ville, dont l'axe historique est la confluence du Steir, de l'Odet et du Jet, est, par la population, la deuxième ville de son département, après Brest. La mer y remonte la vallée encaissée de l'Odet et lui donne une position de port de fond d'estuaire qui explique son implantation et une partie de son rôle économique. C'est aussi un carrefour routier très ancien.

Le site est difficile, car établi dans des vallées étroites encaissées dans du Stéphanien carbonifère et surmontées d'assez fortes pentes de granulite et de schistes micacés. Les espaces plats et larges ne se trouvent qu'au confluent de petites rivières portées à de rapides débordements lors de pluies prolongées.

Le nom Quimper correspond au breton moderne Kemper « confluent », la ville ayant été bâtie à la confluence du Steir, de l'Odet et du Jet. Ce terme kemper se retrouve dans le gallois moderne cymer « conjonction » et l'irlandais moderne comhar « coopération ». Le nom ancien de la ville était Quimper-Corentin et, à la Révolution française, elle a été rebaptisée Montagne-sur-Odet pour enfin devenir Quimper tout court.

C'est à Quimper-Corentin que Jean de La Fontaine place sa fable du Charretier embourbé. Aquilonia était, semble-t-il, le nom romain de Quimper.

Le Chartier embourbé

Le phaéton (1) d'une voiture à foin
Vit son char embourbé. Le pauvre homme était loin
De tout humain secours. C'était à la campagne
Près d'un certain canton de la basse Bretagne,
Appelé Quimper-Corentin. (2)
On sait assez que le Destin
Adresse là les gens quand il veut qu'on enrage :
Dieu nous préserve du voyage ! (3)
Pour venir au Chartier embourbé dans ces lieux,
Le voilà qui déteste et jure de son mieux,
Pestant, en sa fureur extrême,
Tantôt contre les trous, puis contre ses Chevaux,
Contre son char, contre lui même.
Il invoque à la fin le Dieu dont les travaux
Sont si célèbres dans le monde :
Hercule, lui dit-il, aide-moi ; si ton dos
A porté la machine ronde,
Ton bras peut me tirer d'ici
Sa prière étant faite, il entend dans la nue
Une voix qui lui parle ainsi :
Hercule veut qu'on se remue,
Puis il aide les gens. Regarde d'où provient
L'achoppement qui te retient.
Ôte d'autour de chaque roue
Ce malheureux mortier, cette maudite boue
Qui jusqu'à l'essieu les enduit.
Prends ton pic, et me romps ce caillou qui te nuit.
Comble-moi cette ornière. As-tu fait ? Oui, dit l'homme.
Or bien je vas t'aider, dit la voix : prends ton fouet.
Je l'ai pris. Qu'est ceci ? mon char marche à souhait.
Hercule en soit loué. Lors la voix : Tu vois comme
Tes Chevaux aisément se sont tirés de là.
Aide-toi, le Ciel t'aidera.

Une légende vivace fait de saint Corentin un protégé de Gradlon, roi de Cornouaille ayant échappé à la submersion de la ville d'Ys, à qui le prince aurait fait don de son château pour établir son palais épiscopal. Le proche entourage de la cathédrale était appelé autrefois "le Tour-du-Chastel".

Le Haut-Moyen Âge montre, de façon plus certaine, une confusion du pouvoir comtal et épiscopal sous un certain Binidic, fils de Budic de Châteaulin. Cette situation contestable est dénouée par l'attribution du Comté de Cornouaille à Alain Canhiart (ou Cainhart), fils de Binidic, et celle de l'évêché successivement à ses deux frères, Orscant et Binidic. Il en restera le fait que l'évêque gardera jusqu'en 1791 la possession de la ville fortifiée entre l'Odet, le Steïr et le Frout, le duc de Bretagne gardant le faubourg ouest connu sous le nom de la Terre-au-Duc.
Deux seigneuries se partagent l'essentiel du pouvoir économique (marchés, moulins, fours banaux, octrois, péages), celle de l'évêque en sa ville close de murailles entre l'Odet, le Steïr et le Frout et le prieuré bénédictin féminin de Locmaria qui contrôle les entrées et sorties maritimes, mais, dans ce qui reste, les possessions sont enchevêtrées et matières à d'innombrables querelles et procès.
En 1210, le duc est contraint de détruire la maison forte qu'il avait édifié sur le fief de l'évêque et seul l'arbitrage du pape permettra la construction, au confluent, d'un petit château en 1453, dont fort peu de traces subsistent. Dans le même état d'esprit, les évêques s'opposent à la levée des impôts par l'État ducal qui s'affirme. Choisis dans l'entourage ducal, ils doivent accepter l'impôt, mais refusent pourtant garnison et atelier monétaire.
En 1239, l'évêque Raynaud décide de reconstruire sur place la cathédrale romane (commencée en 1128?) et, malgré le fait que la construction ait duré 254 ans, le nouveau sanctuaire gothique, privé de flêches sur ses deux tours jusqu'en 1856, montre une homogénéité remarquable. Le chantier aura subi un arrêt prolongé aux XIVs, années noires pour la Cornouaille (guerre de Succession de Bretagne, épidémies).

La ville se développant, le duc de Bretagne, qui voit son pouvoir politique se renforcer et ne manque pas de l'exprimer par l'apposition de son blason sur les remparts et sur les églises, est amené à tenir compte des notables et à leur octroyer des privilèges pour favoriser l'économie locale et donc ses propres rentrées fiscales. Le mouvement s'amorce par un acte de Jean IV en 1387, mais, si des réunions du « corps de ville » sont attestées dans l'une des chapelles de la ville close, le Guéodet (d'un mot breton proche de "cité"), il n'a pas de traces de luttes pour ériger une « commune » en opposition avec l'autorité ducale ou épiscopale. Un procureur des bourgeois est nommé en vers 1430, mais ce n'est qu'en 1704 que la création d'un office de maire est décidée. Quimper est une ville dont les notables, nobles, chanoines ou commerçants se font construire des « hostels » à pan de bois et aux façades savamment sculptées en bois et en pierre et les terres rurales proches sont parsemées des manoirs nobles dont certains sont des résidence d'été comme celui de Lanniron à Locmaria pour l'évêque.
La ville attire des ordres religieux qui s'installent dans et hors de la ville close, les franciscains cordeliers étant mal acceptés et objets de saccages, malgré le renom de charité de Jean Discalceat, le "petit saint noir", mort en soignant les habitants de la peste en 1349. En 1490 éclate une insurrection paysanne appelée « La commune de Cornouaille » et décrite par le chanoine Jean Moreau : des milliers de paysans mal armés assiègent la ville, mais sont repoussés et massacrés.

L'Odet prend sa source à une quarantaine de kilomètres au nord-est de Quimper, aux confins des départements du Finistère et du Morbihan, au coeur des Montagnes Noires. La rivière serpente la campagne cornouaillaise et tourne brusquement de quatre vingt dix degrés pour s'élancer, plein sud, vers la ville de Quimper.

L'Odet finit sa course en se jettant dans l'Atlantique dans une embouchure bordée à l'ouest du port de Sainte-Marine, à l'est de la cité balnéaire de Bénodet. Le pont de Cornouaille, important ouvrage d'art enjambant l'Odet juste avant son embouchure, relie les deux communes.